Do wody dostają się różne zanieczyszczenia, które usuwane są przez filtrowanie. Filtr może być wypełniony złożem piaskowym lub szklanym. Filtr pracuje ze specjalną pompą ssąco-tłoczącą , pobierającą wodę z basenu . Zanieczyszczenia pozostają na złożu, a woda czysta i świeża wraca do basenu. Filtr musi być czyszczony w procesie płukania (płukanie zwrotne) – złoże zostaje podniesione i przemieszane dzięki czemu brud oddziela się od ziarenek złoża i przez rurę u góry filtra do kanału wypływają wszystkie zanieczyszczenia. Cały proces płukania trwa do 5 minut. Bardzo istotny jest dobór wielkości pompy i filtra do wielkości basenu. Pojemność basenu powinna przefiltrować się minimum 3 razy na 24h, przy założeniu pracy pompy 16 godzin.